O Programa de Pós-Graduação em Biocombustíveis, com cursos de mestrado e doutorado Stricto Sensu, é um programa bi-institucional constituído por associação ampla entre a Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri e a Universidade Federal de Uberlândia. O Programa foi recomendado com conceito 4 pelo Conselho Técnico Científico da CAPES em sua 134ª reunião, em março de 2012.

O modelo adotado inspira ações integradas e usa a competência instalada na UFVJM e UFU. A característica mais destacável é sua natureza abrangente, no ambiente de conexão de idéias, que cobre todas as cadeias produtivas interfaceadas com o tema biocombustíveis. A sustentação da estratégia ampla de trabalho desta proposta está fundamentada no entrelaçamento entre: (i) sistema de produção agrícola-florestal, fonte da biomassa precursora para biocombustíveis, materiais e produtos químicos; (ii) processos industriais; (iii) características e qualidade dos biocombustíveis, uso e mercado correspondente; (iv) aproveitamento de co-produtos agroindustriais e (v) efeitos no ambiente natural. Os segmentos não são dissociados, subdividido do todo; são interconectados, nas suas partes unitárias, formadoras.