Desde março de 2007 a FAMAT oferece o curso de Mestrado em Matemática, dentro de um Programa de Pós-graduação em Matemática reconhecido pela CAPES em julho de 2006 (programa número 32006012023P2). Esse Programa é a continuação natural da evolução da Faculdade de Matemática, que se iniciou com a capacitação de seus professores e se completou com a formação de um corpo estável de pesquisadores, cujo volume de produção apresenta um crescimento permanente. O corpo docente do Programa é composto atualmente por 12 professores doutores, que trabalham em áreas de Matemática pura e aplicada.