O Programa de Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências e Matemática -Mestrado Profissional – é administrado pelo consórcio formado pelo Instituto de Física, Instituto de Química, Instituto de Ciências Exatas e Naturais do Pontal e Faculdade de Matemática.

O Programa é destinado, prioritariamente, a professores do Ensino Básico (Fundamental e Médio) das escolas públicas ou privadas, que sejam graduados em Ciências Biológicas, Física, Química ou Matemática.

Desde março de 2007 a FAMAT oferece o curso de Mestrado em Matemática, dentro de um Programa de Pós-graduação em Matemática reconhecido pela CAPES em julho de 2006 (programa número 32006012023P2). Esse Programa é a continuação natural da evolução da Faculdade de Matemática, que se iniciou com a capacitação de seus professores e se completou com a formação de um corpo estável de pesquisadores, cujo volume de produção apresenta um crescimento permanente. O corpo docente do Programa é composto atualmente por 12 professores doutores, que trabalham em áreas de Matemática pura e aplicada.